ستاره فصل قبل استقلال خوزستان که این فصل پیراهن سپاهان را به تن کرده، تنها پس از دقایق معدود در بازی در برابر چادرملو به دلیل صدمه از زمین خارج شد. محمدجواد آقایی‌پور تنها ۱۰ دقیقه در ترکیب تیم حضور داشت و سپس جای خود را به رضا اسدی داد، امری که نگرانی هواداران سپاهان را به همراه داشت.
آقایی‌پور از جمله خرید‌های دل‌نشین و دقیق تیم سپاهان محسوب می‌شود. او در تیمی که برای ماندن در لیگ برتر می‌جنگید، توانایی‌های گلزنی چشمگیری داشت و در ۹ مورد تور تیم‌های حریف را لرزاند. این عملکرد او را به یکی از مهم‌ترین در پنجره انتقالات تابستانی تبدیل کرد.
این مهاجم ۲۴ ساله در فصل پیش شایعاتی درباره انتقال به پرسپولیس را به وجود آورد، اما مخالفت مدیریت استقلال خوزستان مانع MOVE شد. پس از پایان فصل، مذاکرات با پرسپولیس بی‌نتیجه ماند و آقایی‌پور به روسی اورنبورگ نزدیک شد، اما در لحظه آخر ورود سپاهان به مذاکرات، مسیر انتقال او به سمت تیم طلایی‌پوشان اصفهان باز شد.
در لیگ بیست و چهارم، آقایی‌پور زیر ذره‌بین قرار خواهد گرفت. انتظار می‌رود با وجود ۲۹ هفته باقی‌مانده در لیگ، مشارکت در لیگ قهرمانان آسیا و جام حذفی، فرصت‌های زیادی برای اثبات توانایی خود داشته باشد و ثابت کند که سپاهان بی‌دلیل برای جذب سومین گلزن لیگ پیشین هزینه نکرده است.